Pelayanan Pdt. DR. Ir. Niko Njotorahardjo dimulai pada tahun 1985. Sebagai seorang yang dipanggil dan ditetapkan khusus oleh Tuhan, di bidang restorasi Pujian Penyembahan. Pdt. DR. Ir. Niko Njotorahardjo merupakan orang pertama yang dipakai Tuhan secara sepenuh waktu dalam bidang Pujian Penyembahan di Indonesia. Tema-tema restorasi Pondok Daud menjadi pengajarannya yang

Pdt. DR. Ir. Niko Njotorahardjo mulai membuka gereja di Jakarta pada tanggal 4 September 1988, di Gedung Serbaguna – Wisma Karsa Pemuda, Senayan, yang dihadiri oleh kira-kira 400 jemaat. Sejak itu gereja Tuhan di bawah kepemimpinannya dianugerahkan Tuhan untuk terus berkembang tanpa batas sesuai visi Yesaya 54:2-3, bahkan sampai ke luar Indonesia seperti: Amerika, Australia, Eropa dan Asia. Jumlah gereja lokal saat ini ada 635 gereja (termasuk 66 cabang yang berada di luar negeri). Adapun jumlah jemaat yang dipercayakan Tuhan untuk dibina melalui Gembala-gembala Rayon dan team penggembalaan yang tersebar di dalam dan luar negeri ada 144.716 jemaat (dewasa & anak- anak).

Dalam menggembalakan, membina serta memimpin Pdt. DR. Ir. Niko dibantu oleh 4 (empat) orang Wakil Gembala Sidang/Pembina, yakni: Pdt. Danny Tumiwa, SH, Pdt. Paul R. Widjaja, Pdt. Ir. Djohan Handojo, & Pdt. Ir. Arwijanto Tjokro. Mereka masing-masing mengkonsentrasikan diri pada bidang-bidang lima jawatan serta 8 (delapan) Divisi Pelayanan yang terbagi menjadi 16 (enam belas) Sub Divisi Pelayanan. Pdt. DR. Ir. Niko juga dibantu oleh 32 (tiga puluh dua) Kepala Rayon (terdiri dari 8 orang Kepala Rayon DKI, 20 orang Kepala Rayon Otonom Dalam Negeri & 4 orang Kepala Rayon Luar Negeri), 131 Gembala Cabang (termasuk 46 orang Gembala Cabang di luar negeri) dan kurang lebih 5,763 kelompok sel yang merupakan sel/jaringan pengembalaan jemaat.

Karena ketaatan dan kepekaannya akan suara Roh Kudus, beliau menjadi partner untuk gereja di Indonesia dan bangsa-bangsa yang berjejaring dalam kegerakan apostolic dan Prophetic, sebagai pembicara di crusade dan leadership conference.

Hatinya yang lembut serta kepekaannya untuk mendengarkan suara dan tuntunan Roh Kudus, menyebabkan Pdt. DR. Ir. Niko Njotorahardjo kuat dalam visi dan misi untuk mengarahkan pengerja dan jemaat yang digembalakannya untuk mencapai rencana Allah bagi penuaian dunia. “Pengurapan” yang diterimanya dari Tuhan, senantiasa pula disalurkan baik kepada pengerja dan juga sampai kepada jemaat.

Bagi gereja-gereja lain, Pdt. DR. Ir. Niko Njotorahardjo sampai hari ini tidak pernah tertutup dan berhenti memberkati serta membagikan “api” kegerakan Allah yang telah diterimanya, sehingga menyebabkan Tuhan mempercayakan pelayananNya yang lebih luas, memasuki tahun ke 18. Segala kemuliaan hanya bagi Tuhan !